Jabatan ini diketuai oleh seorang Pengarah dibantu oleh seorang Penolong Pengarah. Dalam melaksanakan pentadbiran Jabatan Peperiksaan, Jabatan ini mempunyai tiga bahagian penting iaitu:
Pegawai-pegawai dan kakitangan diagihkan dengan tugas dan tanggungjawab dalam ketiga-tiga bahagian di Jabatan ini. Setiap bahagian mempunyai tanggungjawab yang berlainan.
a. Bahagian Pentadbiran Am, Kewangan, Percetakan dan Komputer
Bahagian ini bertanggungjawab dalam mengendalikan urusan-urusan pentadbiran am jabatan, kewangan, percetakan dan komputer. Urusan tersebut adalah seperti berikut:
i) Unit Pentadbiran Am
Surat-menyurat, permohonan cuti pegawai/kakitangan, tambang pegawai, elaun pelajaran anak-anak pegawai, dan lain-lain.
ii) Unit Kewangan
Pengutipan pembayaran dan tuntutan bayaran di atas perkhidmatan kerja-kerja peperiksaan yang dibuat seperti pengawasan, pemeriksaan dan pemarkahan, bayaran balik calon mengulang dan juga bayaran ke badan-badan peperiksaan luar negeri seperti University of Cambridge International Examinations (UCIE) dan lain-lain.
iii) Unit Percetakan
Hal ehwal percetakan kertas-kertas jawapan, kertas-kertas soalan, sijil-sijil, slip-slip pernyataan keputusan peperiksaan calon, sampul-sampul surat, borang-borang, slip-slip pendaftaran dan lain-lain.
iv) Unit Komputer
Permohonan komputer serta aksesori, memasukkan data pendaftaran peperiksaan calon ke komputer, memasukkan markah-markah calon ke komputer, mengeluarkan slip-slip pernyataan keputusan peperiksaan calon, keputusan peperiksaan, analisa keputusan peperiksaan, analisa mata pelajaran, pengendalian mesin yang berkaitan dengan sistem komputer, pembentukan borang-borang dan lain-lain.
b. Bahagian Profesional - Binaan, Kajian dan Penyelidikan
Bahagian ini antara lain bertanggungjawab dalam urusan seperti berikut:
i) Unit Binaan
Menguruskan hal-hal yang berhubung kait dengan kertas-kertas soalan peperiksaan, penilaian kertas-kertas soalan peperiksaan, laporan sulit ketua-ketua pemarkah, dan lain-lain.
ii) Unit Kajian dan Penyelidikan
Membuat penyelidikan mengenai dengan pencapaian calon dalam apa jua jenis peperiksaan terutama sekali peperiksaan yang diduduki oleh calon-calon sekolah, mengkaji dan menilai dari semasa ke semasa kualiti peperiksaan, kecekapan, kesempurnaan peralatan dan teknik peperiksaan, dan lain-lain. Hasil daripada penyelidikan itu nanti, Jabatan akan dapat memberi maklumat ke Jabatan-Jabatan di Kementerian Pendidikan untuk difikirkan bersama demi memperbaiki kualiti pendidikan.
c. Unit Perkhidmatan dan Kewangan Peperiksaan
Bahagian ini bertanggungjawab dalam mentadbir perjalanan dan pengurusan peperiksaan dari awal hingga keputusan peperiksaan dikeluarkan dan juga dalam urusan pembayaran tuntutan dalam pengendalian perkhidmatan peperiksaan.
d. Centralised Assessment Unit